Muhammadiyah telah ikut berjuang dan berpartisipasi dalam merebut dan mengisi kemerdekaan Negara Republik Indonesia dengan berbagai cara, salah satu cara yang ditempuh adalah dengan mendirikan tempat-tempat belajar bagi tunas-tunas Bangsa. SMA Muhammadiyah 2 Yogyakarta adalah salah satu bentuk perjuangan Muhammadiyah dalam dunia pendidikan tersebut.

Berdiri sejak tanggal 2 Oktober 1950 di Jalan Kauman Nomor 44 rumah Bapak H. Syarbini dengan dua kelas satu, jurusan A (Sastra) dan B (Ilmu Pasti). Sampai saat ini, SMU Muhammadiya 2 Yogyakarta telah berkembang pesat. Didukung oleh para pengajar yang profesional dibidangnya masing-masing dan dengan ketersediaan sarana dan prasarana pembelajaran yang memadai akan mampu menghantarkan putra-putri Bangsa ini meraih cita-citanya.